В личной жизни Меган Фокс не всё было так гладко, как в карьере: так, в интервью июльскому номеру журнала MAXIM за 2007 год, актриса призналась что принимала наркотики.

В 2007 была помолвлена с актёром Брайаном Остином Грином, но вскоре они разошлись. Также актриса в одном из интервью призналась, что имела половые связи с девушками.

По собственным словам, Меган имеет проблемы с психикой, «что-то типа приступов лёгкой шизофрении».

1 июня 2010 года состоялась очередная помолвка между Меган Фокс и Брайаном Остином Грином, а 24 июня 2010 года они поженились по сообщению TMZ.com и других сайтов тайком в гостинице «Four Seasons» на Гавайях.